根据现行法律法规及司法实践，全民所有制企业的清理退出主要通过以下三种途径实现：自行清算、强制清算与破产清算。三种方式在启动主体、程序性质、适用条件及法律后果上各有不同，实践中应根据企业实际情况选择适用。
（一）自行清算：基于解散事由的主动退出
自行清算是指企业在出现法定或章程规定的解散事由后，由上级主管部门或出资人组织成立清算组，主动开展资产清理、债务清偿与注销登记的程序。这是最理想、最经济的退出方式，有利于企业平稳过渡，减少社会矛盾。
根据《民法典》第六十九条、第七十条的规定，法人解散的法定事由包括：（1）章程规定的存续期间届满；（2）权力机构决议解散；（3）因合并或分立需要解散；（4）依法被吊销营业执照、责令关闭或撤销；（5）法律规定的其他情形。对于全民所有制企业而言，常见解散事由包括经营期限届满未续期、上级主管部门决定撤销、企业被吊销营业执照等。
自行清算的核心程序包括：
1. 成立清算组：由企业上级主管部门或出资人指定清算组成员，通常包括企业负责人、财务人员及外部专业机构人员。清算组依法接管企业财产，履行清算职责。
2. 通知与公告债权人：清算组应自成立之日起十日内通知已知债权人，并在六十日内在报纸上公告，要求债权人在规定期限内申报债权。
3. 清理资产与编制清算方案：对企业的固定资产、流动资产、无形资产进行全面清查，编制资产负债表和财产清单，制定清算方案，明确债务清偿顺序与剩余财产分配原则。
4. 清偿债务：按照法定顺序清偿债务，依次为清算费用、职工工资、社会保险费用、法定补偿金、所欠税款、普通债务。
5. 编制清算报告与注销登记：清算结束后，清算组编制清算报告，报上级主管部门确认后，向市场监督管理部门申请注销登记，缴销营业执照、公章等证照，完成法人资格的最终消灭。
值得注意的是，全民所有制企业的自行清算必须严格遵循国有资产监管规定。除财产处置外，处理其他事项时也应特别注意，如国有企业终止时的档案处理需要适用《国有企业资产与产权变动档案处置办法》（2022年施行）等。
（二）强制清算：司法介入下的被动退出
强制清算是指企业在出现解散事由后，未依法自行组织清算，债权人或股东（出资人）向人民法院申请，由法院指定清算组进行清算的程序。该程序是《民法典》第七十条明确规定的救济途径，旨在破解“解散不解算”的僵局，保障债权人与出资人合法权益。
强制清算的适用条件包括：
1. 法人已出现前文所述的解散事由；
2. 清算义务人未及时履行清算义务，这里包括逾期未成立清算组进行清算，或虽成立清算组但故意拖延清算；
3. 主管机关或者利害关系人可以向人民法院申请。
司法实践中，全民所有制企业因历史原因长期“僵尸化”，被吊销营业执照多年却未注销的情况在司法实践中也较为普遍。强制清算的程序由法院主导，具体流程与一般企业清算大致相同。
强制清算的优势在于其司法权威性与程序强制性，能够有效打破清算僵局。但其成本较高，周期较长，且需申请人具备一定的法律知识与证据收集能力。因此，建议在提起强制清算前，充分评估企业资产状况与清算可行性。
（三）破产清算：资不抵债情形下的终极退出
当全民所有制企业不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务，或明显缺乏清偿能力时，应进入破产清算程序。
根据《企业破产法》及《全民所有制工业企业法》的相关规定，全民所有制企业的破产清算具有以下特殊性：
1. 破产申请需经上级主管部门同意：这是区别于一般企业的重要程序要求。由于涉及国有资产处置，企业或债权人提出破产申请前，必须取得上级主管机关的批准文件，体现国家对国有资产的监管职责。
2. 和解与整顿程序：在破产宣告前，法院可依申请或依职权启动和解程序，允许企业在一定期限内进行整顿，调整经营结构，恢复偿债能力。若整顿成功，企业可继续存续；若失败，则转入清算程序。
3. 清算执行：由法院指定管理人接管企业，全面清理资产，确认债权，召开债权人会议，制定财产分配方案，按法定顺序分配财产。
4. 注销登记：破产程序终结后，管理人持法院裁定书向登记机关申请注销企业登记，企业法人资格正式消灭。
破产清算程序严格、公开、透明，能够实现债权的公平清偿，防止个别清偿与资产转移。但其程序复杂，耗时较长，且可能影响职工就业与社会稳定。因此，在实践中，对于尚有挽救可能的全民所有制企业，应优先考虑和解或政策性重组，而非直接进入破产清算。