对于拟IPO企业来说，如果存在在新三板挂牌期间形成的“三类股东”，其在IPO时有两条方式可供选择：一是对“三类股东”进行清理；二是按照相关要求进行穿透核查。
（一）清理“三类股东”
1.申报前清理：奥飞数据（300738）
根据奥飞数据发行文件，发行人在新三板挂牌期间存在3家契约型基金股东。发行人在2016年8月至2016年10月期间股票通过股转系统共发生了11次转让，涉及股份数量合计410万股。本次股份转让的目的为解决契约型私募股权基金持股问题，主要解决方法为由契约型私募股权基金将股份转让给相同结构的合伙企业或直接转让给自然人。
2.摘牌清理：聚利科技
根据聚利科技发行文件以及新三板公告文件，发行人在新三板挂牌期间存在2家契约型基金股东。发行人IPO申请于2016年5月30日获得证监会受理，股票自2016年6月2日起停牌。为清理“三类股东”问题，聚利科技股票自2017年8月24日起终止在全国中小企业股份转让系统挂牌。[4]
2017年9月15日，银杉基金分别与韩智等7人签署《股份转让协议》，约定银杉基金将其持有的50万股股份分别转让给韩智等7名自然人；银杏基金与韩智签署《股份转让协议》，约定银杏基金将其持有的50万股股份转让给韩智，上述股份转让价格均为40元/股。2017年9月19日，公司在北京市工商管理局办理了工商变更登记。
3.非交易过户清理：秦森园林
根据秦森园林发行文件以及新三板公告文件，发行人在新三板挂牌期间存在5名“三类股东”。发行人IPO申请于2016年12月29日获得证监会受理，股票于2017年1月3日起终止在全国中小企业股份转让系统挂牌。
2018年7月3日，秦森园林发布公告，公司控股股东、实际控制人秦同千通过“特定事项协议转让”方式增持公司5%股份，该5%股份的转出方包含5名“三类股东”以及其他3名非“三类股东”。[5]“特定事项协议转让”方式成为不摘牌方式下清理“三类股东”的新路径。但秦森园林的IPO申请最终并未通过证监会发审委审核通过。
4.诉讼清理：科顺股份（300737）
根据科顺股份发行文件，科顺股份申报IPO时存在9名“三类股东”。在审期间，发行人第一大股东陈伟忠作为受让方，该9名“三类股东”作为转让方达成协议，转让方将其持有的发行人全部股权转让给陈伟忠，转让定价依据为参考市场价协商确定，并且均已在中登公司办理完毕证券过户登记手续。上述股权转让后，发行人全部的机构股东均为在工商部门有效登记的公司或合伙企业，不包含信托、资管计划、契约型基金。
据报道，科顺股份控股股东陈伟忠为达到证监会“拟上市公司需清退‘三类股东’”的一般要求，以“三类股东”损害公司股东利益为由诉至顺德法院。顺德法院促成双方当事人达成调解协议，调解确认控股股东陈伟忠以合理价格受让“三类股东”持有的股权。执行时，案件承办法官与中登公司北京分公司沟通协调，最终完成证券过户登记手续。
（二）穿透核查并进行披露
穿透核查并进行披露即按照各板块的审核问答的要求对发行人“三类股东”情况进行核查和信息披露。本文以西部超导（688122）为例说明如下：
1.披露发行人全部18家“三类股东”的基本情况，包含股东名称、持有数量、持有比例、股份来源。
2.发行人控股股东、第一大股东系西北有色金属研究院，实际控制人系陕西省财政厅，因此发行人的控股股东、实际控制人、第一大股东不属于“三类股东”。
3.列表披露发行人的“三类股东”办理备案登记及其管理人注册登记的情况，发行人“三类股东”均已办理私募投资基金管理人登记手续，或取得了证监会核发的从事特定客户资产管理业务或受托投资管理业务的批复。
4.获取发行人“三类股东”根据《关于规范金融机构资产管理业务的指导意见》做出的过渡期整改计划安排，并向公司出具《关于过渡期整改计划的承诺函》。发行人的“三类股东”持股数量较小，因此，发行人“三类股东”的过渡期安排对发行人的生产经营、股权稳定、实际控制人等事项均无影响。
5.通过核查“三类股东”所提供的产品合同、权益人信息表、出资证明等文件，以及西部超导的控股股东、实际控制人、董监高及其亲属、中介机构及其签字人员出具的声明，前述人员不存在直接或间接在“三类股东”中持有权益的情形。
6.西部超导的“三类股东”不存在持股总数超过公司股份总数1%的情况，也均未出具过关于减持股份或稳定股价的相关承诺，因此，不受现有减持规则的限制。“三类股东”持有的西部超导股份不会因为产品处于清算期发生变动，西部超导的股权结构不会因此受到不利影响。为确保股东的存续安排符合现行锁定期与减持规定的要求，西部超导“三类股东”的管理人已出具《承诺函》。