1.未按照规定对所排放的水污染物自行监测，或者未保存原始监测记录。
2.未按照规定安装水污染物排放自动监测设备，未按照规定与环境保护主管部门的监控设备联网，或者未保证监测设备正常运行。
3.未按照规定对有毒有害水污染物的排污口和周边环境进行监测，或者未公开有毒有害水污染物信息。[3]
4.不按照规定制定水污染事故的应急方案。
5.水污染事故发生后，未及时启动水污染事故的应急方案，采取有关应急措施。[4]
6.超过水污染物排放标准或者超过重点水污染物排放总量控制指标排放水污染物。
7.利用渗井、渗坑、裂隙、溶洞，私设暗管，篡改、伪造监测数据，或者不正常运行水污染防治设施等逃避监管的方式排放水污染物。
8.未按照规定进行预处理，向污水集中处理设施排放不符合处理工艺要求的工业废水[5]。
9.拒绝、阻挠环境保护主管部门或者其他依照本法规定行使监督管理权的部门的监督检查，或者在接受监督检查时弄虚作假[6]。
10.受到罚款处罚，被责令改正后继续违法排放水污染物或者拒绝、阻挠复查[7]。
（二）地下水污染防治重点排污单位
1.利用渗井、渗坑、裂隙、溶洞以及私设暗管等逃避监管的方式排放水污染物等，合规风险同前述“水环境重点排污单位”。
2.在地下水污染防治重点区内设有水污染物排放口的企业事业单位，其合规风险亦同前述“水环境重点排污单位”。
3.尾矿库运营、管理单位，以填埋方式处置危险废物的运营、管理单位以及日处理能力500吨以上的生活垃圾填埋场的运营、管理单位，其合规风险详见下述“土壤污染重点监管单位”。
4.在泉域保护范围以及岩溶强发育、存在较多落水洞和岩溶漏斗的区域内，新建、改建、扩建造成地下水污染的建设项目。[8]
5.利用岩层孔隙、裂隙、溶洞、废弃矿坑等贮存石化原料及产品、农药、危险废物或者其他有毒有害物质。[9]
6.利用岩层孔隙、裂隙、溶洞、废弃矿坑等贮存城镇污水处理设施产生的污泥和处理后的污泥。[10]
（三）土壤污染重点监管单位
1.未制定、实施自行监测方案，或者未将监测数据报生态环境主管部门。
2.篡改、伪造监测数据。
3.未按年度报告有毒有害物质排放情况，或者未建立土壤污染隐患排查制度。
4.未制定、实施土壤污染防治工作方案。
5.尾矿库运营、管理单位未按照规定采取措施防止土壤污染。
6.尾矿库运营、管理单位未按照规定进行土壤污染状况监测。
7.建设和运行污水集中处理设施、固体废物处置设施，未依照法律法规和相关标准的要求采取措施防止土壤污染。[11]
8.未将土壤污染防治工作方案报地方人民政府生态环境、工业和信息化主管部门备案。[12]
9.向农用地排放重金属或者其他有毒有害物质含量超标的污水、污泥，以及可能造成土壤污染的清淤底泥、尾矿、矿渣等。[13]
10.将重金属或者其他有毒有害物质含量超标的工业固体废物、生活垃圾或者污染土壤用于土地复垦。[14]
11.拒不配合检查，或者在接受检查时弄虚作假。[15]
12.引发环境民事公益诉讼。[16]
（四）大气环境重点排污单位
1.拒不接受生态环境主管部门及其环境执法机构或者其他负有大气环境保护监督管理职责的部门的监督检查，或者在接受监督检查时弄虚作假。[17]
2.超过大气污染物排放标准或者超过重点大气污染物排放总量控制指标排放大气污染物。
3.通过逃避监管的方式排放大气污染物。[18]
4.侵占、损毁或者擅自移动、改变大气环境质量监测设施或者大气污染物排放自动监测设备。
5.未按照规定对所排放的工业废气和有毒有害大气污染物进行监测并保存原始监测记录。
6.未按照规定安装、使用大气污染物排放自动监测设备或者未按照规定与生态环境主管部门的监控设备联网，并保证监测设备正常运行。
7.重点排污单位不公开或者不如实公开自动监测数据。
8.未按照规定设置大气污染物排放口的。[19]
9.产生含挥发性有机物废气的生产和服务活动，未在密闭空间或者设备中进行，未按照规定安装、使用污染防治设施，或者未采取减少废气排放措施。
10.工业涂装企业未使用低挥发性有机物含量涂料或者未建立、保存台账。
11.石油、化工以及其他生产和使用有机溶剂的企业，未采取措施对管道、设备进行日常维护、维修，减少物料泄漏或者对泄漏的物料未及时收集处理。[20]
12.排放有毒有害大气污染物名录中所列有毒有害大气污染物的企业事业单位，未按照规定建设环境风险预警体系或者对排放口和周边环境进行定期监测、排查环境安全隐患并采取有效措施防范环境风险。[21]
（五）噪声重点排污单位
1.拒绝、阻挠监督检查，或者在接受监督检查时弄虚作假。[22]
2.在噪声敏感建筑物集中区域新建排放噪声的工业企业或改建、扩建而未采取有效措施防止工业噪声污染。[23]
3.无排污许可证或者超过噪声排放标准排放工业噪声。[24]
4.实行排污许可管理的单位未按照规定对工业噪声开展自行监测，未保存原始监测记录，或者未向社会公开监测结果的。
5.未按照国家规定安装、使用、维护噪声自动监测设备，或者未与生态环境主管部门的监控设备联网。[25]
2022年6月5日生效实施的《中华人民共和国噪声污染防治法》扩大管辖范围，形成“多头执法”的局面[26]。在生态环境保护系统“垂改”的现实背景下，《噪声污染防治法》明文规定的11处“地方人民政府指定的部门”不可能是“地方人民政府生态环境主管部门”，因此生态环境部在《管理办法》中仍然谨守“工业企业工业噪声”的传统领域。但是，对于建筑施工噪声、交通运输噪声、社会生活噪声的监管，生态环境主管部门也不能彻底置身事外， 2022年12月10日生态环境部办公厅发布《关于公开征求<关于加强噪声监测工作的意见>（征求意见稿）》[27]，从充分发挥自身职能作用的角度作出了力所能及的安排。
除此以外，《管理办法》第十四条规定的涉危险废物、生活垃圾填埋与焚烧、涉铀（钍）系单个核素含量超标的矿产资源利用等三类企事业单位，其被纳入环境风险重点管控单位后的合规风险，可参见《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》《中华人民共和国放射性污染防治法》的有关规定。