（一）建设单位与施工单位签署的施工合同中应按照当地政策规定的最低比例拨付人工费用
目前《保障农民工工资支付条例》仅原则性约定了人工费用的拨付应满足保障农民工工资足额支付的要求，未约定最低比例。人工费用占工程款的比例可根据当地政策实际规定执行。
如前述雄安新区规定的工人工资款占施工合同总价款的比例范围一般为 10-25%，其中房屋建筑工程比例不得低于25%。其他省市也有类似规定，如陕西省规定人工费用占工程款的约定比例为10%-20%，其中房屋建筑工程约定比例不得低于20%；杭州市规定工资性工程款应保证足额支付农民工工资，其占总工程款的比例范围一般为10%-25%，其中建筑土建工程25%，建筑安装工程10%。
（二）如出现农民工工资专用账户余额不足时的保障措施
1. 由建设单位向农民工工资专用账户及时补足
《工程建设领域农民工工资专用账户管理暂行办法》第十三条规定，“因用工量增加、赶工等原因导致专用账户余额不足以按时足额支付农民工工资时，总承包单位提出需增加的人工费用数额，由建设单位核准后及时追加拨付。”
雄安新区《关于切实加强建筑工人实名制和农民工工资专用账户管理的通知》（雄安规建字[2022]13号）第二条、《陕西省工程建设领域农民工工资专用账户管理暂行办法实施细则》（陕人社发〔2022〕5号）第十四条、江苏省《工程建设领域农民工工资专用账户管理细则》第七条均做出类似规定，即用工量增加导致的人工费用不足时，由总包单位申请并由建设单位及时追加拨付。
或者如吉林省《工程建设领域农民工工资专用账户管理办法》第十三条则直接规定，“建设单位拨付的人工费用不足以支付上一个月工资时，工资发放日之前，不足部分由建设单位及时补足，补足部分可在后期工程款拨付中抵扣”。
建设单位向施工单位开立的农民工工资专用账户足额拨付人工费用是其法定义务，该专用账户应专项用于支付农民工工资并受到银行及相关行政监管部门的监管。在建设单位已经按照合同约定拨付相应人工费用后，如因客观情况发生变化导致专用账户余额不足的情况下，可由施工单位申请并由建设单位追加拨付人工费用。
此种情况下，建设单位应注意以下几点：
（1）要求施工单位提供用工量增加导致的人工费用增加金额明细、农民工考勤表等相关证明材料及申请文件，核查确认是否存在需要补充追加人工费用的情形；
（2）要求施工单位出具承诺函，承诺建设单位此次拨付的人工费用在后续工程款中予以扣除，并且如果施工单位申请的人工费用金额不符合实际情况的，建设单位有权追偿或者在任意一笔应付款中予以扣除；
（3）因施工单位开立农民工工资专用账户后都需要和银行签署三方监管协议，如工程施工合同约定的人工费用的数额或者占工程款的比例等需要修改的，建设单位应与施工单位签订补充协议，将相关修改情况通知开户银行。
2. 由施工单位向农民工工资专用账户补足
经检索，部分省市规定了农民工工资专用账户余额不足的由施工单位进行补足，如温州市住建局《关于进一步完善房屋建筑和市政工程领域保障农民工工资支付工作的通知》中第四项规定，“如建设单位拨付的人工费用不足以支付当月实际农民工工资的，由施工总承包单位负责向专户中补足，确保农民工工资按时足额支付”；再如云南省人民政府办公厅《关于全面治理拖欠农民工工资问题的实施意见》第三条第（七）项“用人单位收到建设单位或施工总承包企业拨付的人工费用后，要及时支付农民工工资；拨付的人工费用不足以支付农民工工资的，由用人单位补足。”
3. 建设单位直接向农民工支付工资
如因特殊情况，如专用账户已撤销或者施工单位无钱垫付或不愿垫付的，实践中也存在部分建设单位需直接向农民工支付工资的情形。但根据合同相对性的一般原则，建设单位与农民工之间不存在合同关系，如建设单位直接向农民工支付工资的，容易引发施工单位不认可相关款项应抵扣工程款而引发争议。
司法实践中对于建设单位突破合同相对性直接向农民工支付工资予以认可并抵扣工程款的，法官会考虑以下因素：例如是否已有生效判决确定应由建设单位代为支付（如（2019）最高法民终1667号）；施工单位是否出具相关承诺函表明如拖欠农民工工资可予以抵扣工程款（如（2017）最高法民提183号）；是否有相关行政主管部门要求建设单位履行代付义务（如云南省高级人民法院（2024）云民申8676号）。
因此，如建设单位因特殊情况选择直接向农民工支付工资的，存在后期施工单位不予认可支付金额并拒绝抵扣工程款的法律风险，建设单位应尤其注意以下两点：
（1） 取得施工单位的承诺函，承诺对建设单位支付的工资金额无任何异议，且可在后续结算款中予以扣除；
（2）妥善留存工资明细、工资支付凭证及农民工确认收到工资的签收记录等。