（一）在现实案例中，工程质量瑕疵对抗工程款请求权的司法实践往往涉及到复杂的法律问题。在法院审理过程中，法院需要综合考虑施工单位的责任承担、建设方的损失情况以及具体的法律依据来作出判决，以下是一些典型案例。
案例1：锦宸集团有限公司与宝升昌房地产开发有限公司建设工程施工合同纠纷
裁判观点：双方签订的《建设工程施工合同》及补充协议有效，工程结算总价款95119007元，扣除已付85119007元、以房抵债3659074元及税款40万元，宝升昌公司尚欠工程款1375214元及质保金4565712元。案涉工程存在地下室渗漏质量问题，经鉴定系“施工工艺不细”所致，修复费用按市场平均价988838.42元，锦宸公司应承担该费用。依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定，判决宝升昌公司支付工程款及质保金，锦宸公司支付修复费用。
案例2：湖北祥和建设集团有限公司、唐山广拓房地产开发有限公司建设工程施工合同纠纷
裁判观点：上诉人祥和公司与被上诉人广拓公司签订的《建设工程施工合同》及补充协议合法有效。鉴定意见认定，工程质量问题（防水渗漏、回填土不合格）系祥和公司未按图施工或破坏防水层所致，祥和公司存在过错。广拓公司已履行通知修复义务，祥和公司未修复完善，一审法院依据明瑞祥价鉴【2020】第1216号工程造价鉴定意见书认定修复费用 5905703.02元，判令祥和公司支付，符合《河北省高级人民法院建设工程施工合同案件审理指南》第39条规定“因承包人的过错造成建设工程质量不符合约定，发包人能够证明已经履行了通知义务，承包人拒绝修理、返工或者改建，发包人请求减付工程价款的，可以将发包人因修理、返工或重建而支付的费用在工程款中予以扣减。”祥和公司对鉴定结论有异议，但无足以反驳的相反证据，亦未申请重新鉴定，其上诉理由不能成立。
案例3：丰宁国有林场管理处、中基名都建设集团有限公司建设工程施工合同纠纷
裁判观点：2014年12月10日建设单位（美丰公司）、施工单位（名都公司）及物业公司（丰宁星火物业服务公司）三方签订的交接单及丰宁林场在进行证据保全公证时拍摄的照片（显示车库中停放有车辆），足以证明物业公司已接收九龙湾家园小区的所有工程，且车库已实际使用的事实。虽然车库存在漏水等问题，但名都公司一直在积极进行维修，在车库工程已经完工且已经交付使用多年的情况下，一审法院兼顾建设方与承包方双方的利益，在预留出100万元费用作为车库进一步维修的质保金的情况下，判决其余车库工程款予以支付具有公平性和合理性，丰宁林场关于车库工程款不应支付的上诉理由，本院不予支持。”法院未支持上诉人以工程质量问题拒绝支付工程款的主张。
案例4：奥尼特纺织科技有限公司、彤元建筑安装工程有限公司、钧天制冷工程有限公司等建设工程合同纠纷
裁判观点：本案争议焦点为合同关系认定、工程款结算依据、质量瑕疵处理、清河县政府责任。一、合同关系：钧天公司将工程整体转包给彤元公司后退出，奥尼特公司与彤元公司形成事实上发包承包关系，钧天公司与双方的原合同已解除。二、工程款结算：奥尼特公司主张受胁迫按定额鉴定，但无证据证明，且未行使撤销权；双方 2018年7月签订《工程造价委托协议书》，约定“无条件认可最终造价报告”，河北安旭工程造价咨询有限公司出具的4010576.5元造价报告应作为依据，扣除已付185万元，奥尼特公司需支付2160576.5元及利息。三、质量瑕疵：奥尼特公司单方委托的检测报告（2018年7月）载明钢结构表面锈蚀、螺栓扭矩不合格，但工程2016年5月停工，无法排除非施工方原因导致；且双方约定 “无条件认可造价报告”，视为奥尼特公司放弃质量抗辩权，其以质量瑕疵拒付的理由不成立，可另行主张维修费用。奥尼特公司以涉案工程存在质量瑕疵作为拒付工程款的抗辩事由不能成立。
案例5：正昊房地产开发有限公司与深华建筑安装工程有限公司建设工程施工合同纠纷
裁判观点：原被告签订的金牛山庄 2、3号楼施工协议合法有效，深华公司对工程质量负责。鉴定意见书载明：2号楼地下室地面起砂、混凝土厚度不足、回填土松散，屋面瓷砖脱落、防水层返水不足；3号楼地下室地面起砂、混凝土厚度不足，屋面漏雨，均属施工质量问题。深华公司2016年底撤场时工程未验收，防水保质期为五年，其以 “超过质保期” 抗辩不成立。永兴工程造价咨询有限公司（法定程序摇号选定）的489395元维修费用鉴定报告合法有效，深华公司需赔偿该损失。依照《中华人民共和国建筑法》第五十八条、第六十二条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十一条规定，判决深华公司赔偿489395元，承担案件受理费、鉴定费。
案例6：奥尼特纺织科技有限公司与钧天制冷工程有限公司、彤元建筑安装工程有限公司建设工程合同纠纷施工合同纠纷
裁判观点：本案争议焦点为合同解除、工程款支付及质量损失赔偿。一、合同解除：钧天公司将工程转包给彤元公司后退出，奥尼特公司与彤元公司形成事实上发包关系，故奥尼特与钧天、钧天与彤元的原合同已解除。二、工程款支付：双方共同委托河北安旭工程造价咨询有限公司出具的4010576.5元造价报告，系真实意思表示，扣除已付 185 万元，奥尼特需支付 2160576.5 元及利息（2018年8月21日起算）。三、质量损失：奥尼特单方委托的检测报告载明 “防腐涂层不达标、螺栓扭矩不合格”，但申请修复鉴定时因无施工图纸导致鉴定不能，奥尼特承担举证不能责任，其质量赔偿诉请不予支持。综上，依照《中华人民共和国合同法》第七十七条、第九十三条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第十二条规定，确认合同解除，奥尼特支付工程款，驳回其他诉请。
案例7：宝盈房地产开发有限公司、一建建设集团有限公司建设工程施工合同纠纷
裁判观点：双方签订的《建设工程施工合同》及补充协议有效，应按备案合同固定单价890.31元/㎡结算，工程总价款26890291.12 元，扣除甲方施工、供材费用及已付16750000元，宝盈公司需支付4738764.3元及利息。宝盈公司以“工程质量问题”拒付工程款，但工程已交付业主使用，依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条，其丧失质量抗辩权；一建公司存在工期延误，需支付违约金393461.6元。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，改判宝盈公司支付工程款，一建公司支付违约金。
（二）质量瑕疵抗辩的裁判规则
1.鉴定报告采信规则。在建设工程中，质量瑕疵的确认通常要基于专业工程质量鉴定机构的鉴定结果。如果工程存在质量问题，鉴定机构需要出具鉴定报告，明确质量问题的具体内容、程度以及产生的原因。鉴定报告是认定建设工程质量瑕疵的重要依据。
2.谁主张谁举证规则。在建设工程质量纠纷中，主张工程存在质量问题的一方需要提供充分的证据，证明质量问题的存在及其具体情形。这些证据可以包括但不限于工程验收记录、检测报告、现场照片、合同约定等。对方当事人如果认为工程不存在质量问题，也可以提供证据进行抗辩。但若在隐蔽工程纠纷中，承包人未提供书面验收通知的，推定其未履行通知义务。
3.修复费用与工程款抵扣规则和边界限制。工程质量需符合国家强制性标准（如结构安全、防火、抗震等），以及合同约定的质量标准。若存在严重违反强制性标准或影响主体结构安全的质量问题，承包人可能丧失工程款请求权；若仅为一般性瑕疵（如局部墙面不平整、观感不佳等），不影响安全和使用功能的，通常不构成拒付工程款的充分理由。因此，严重瑕疵（如主体结构安全隐患、无法实现主要使用功能）可能导致工程款请求权受限；一般瑕疵可通过修复或扣减修复费用解决，不影响工程款支付。
其他情形：（1）若工程已通过竣工验收，发包人以一般质量问题抗辩拒付工程款，法院通常不予支持。质量问题一般转入保修范畴处理，发包人可要求承包人承担保修责任或扣减合理修复费用，但需举证证明修复费用。（2）若工程未经竣工验收但已擅自使用，除地基基础和主体结构质量问题外，不得以其他质量问题拒付工程款。此时承包人仍需承担保修责任，但发包人需自行承担因擅自使用导致的质量风险。（3）若质量问题可修复且修复费用合理，发包人可要求承包人承担修复费用（从工程款中扣除）；若不可修复或修复成本过高，承包人可能丧失部分或全部工程款请求权。