通过对雄安新区、山东、湖南、青海、福建、北京等地保障农民工工资支付指导手册的梳理，我们可以清晰地看到，各地在落实《条例》要求的基础上，形成了如下工程建设领域特别制度：
1.实名制管理制度——解决身份与考勤认定问题
在传统的用工模式下，农民工没有实名，考勤靠班长手写、工资发现金，一旦发生纠纷，农民工对于在施工现场是否提供劳动存在举证困难的问题。
而实名制就是工资支付的基础，施工总承包单位或分包单位必须依法与农民工订立劳动合同并进行用工实名登记，未登记人员不得进入现场施工。总包单位需在项目部配备劳资专管员，监督分包单位用工，并建立、保存涵盖劳动者基本信息、劳动合同、考勤记录等内容的用工管理台账至工程完工且工资结清后至少3年。各地普遍要求通过生物识别门禁等硬件设备实施考勤1，并将数据实时上传至政府监管平台。此举旨在将传统模糊的“班组管理”转化为清晰、可追溯的电子化人事档案，为后续工资核算提供依据。
2.农民工工资专用账户制度——解决“钱被挪用”问题
在传统模式下，人工费和工程材料款、设备款混在同一个账户里，一旦项目资金紧张且材料供货商催要货款较为紧急的情况下，施工单位可能会优先支付材料款，而把农民工工资往后拖。更恶劣的情况是，包工头收到工程款后直接跑路，农民工分文未得。
为杜绝上述工程款与农民工工资混同导致资金被挪用从而导致欠薪的问题，《条例》第二十六条规定，施工总承包单位需开设农民工工资专用账户，专项用于支付农民工工资。《工程建设领域农民工工资专用账户管理暂行办法》进一步细化，要求专用账户按工程建设项目开立，账户名称应包含总包单位名称及项目名称后缀“农民工工资专用账户”，并在开户后30日内备案。建设单位需按照《条例》第二十四条及上述《暂行办法》第五条的规定，在工程施工合同中单独约定人工费用拨付周期（不得超过1个月）及数额或比例，并将该笔费用按时足额拨付至专用账户。开户银行则须对账户进行特殊标识，确保资金除支付至本项目农民工本人账户外，不被查封、冻结或用于其他结算。各地也对此进行了针对性规定。
3.总包代发工资制度——解决“层层分包截留”问题
在多层分包模式下，工程款从上到下层层拨付，每一层都可能截留一部分，到农民工手里已经所剩无几。即使建设单位足额支付了工程款，中间的分包单位也可能挪用工资款。
针对层层分包可能导致的工资款截留风险，《条例》第三十一条推行分包单位委托施工总承包单位代发工资的制度。分包单位需按月考核农民工工作量并编制经农民工本人签字确认的工资支付表，提交施工总承包单位。总包单位审核后，通过专用账户直接将工资支付到农民工个人银行账户，并向分包单位提供凭证。
4.农民工工资保证金制度——提供欠薪应急保障
作为兜底性保障措施，《条例》第三十二条确立了工资保证金制度，该制度通过事前存储一笔“风险准备金”，旨在增强工资支付的保障能力。
《工程建设领域农民工工资保证金规定》明确，施工总承包单位应在工程开工前，在银行设立账户并按施工合同额一定比例存储专项资金，或提供银行保函等替代形式。该资金专项用于支付被拖欠的工资。当发生欠薪且总包单位拒不履行清偿责任时，人社部门可依法通知经办银行从保证金中支付。
针对该制度，各地规定对免存、降低或提高保证金金额也做出了细致规定，如雄安新区对施工单位在同一地区有两个以上在建工程、连续两年以上未发生欠薪情况、施工合同额度低于300万元等情形下可以降低存储保证金的比例，而在信用中国评级为C类、D类或因拖欠农民工工资被纳入严重失信名单的，则要求提高存储保证金的比例。
5.工程款支付担保制度——强化建设单位资金责任
为从源头保障工程款支付，《条例》第二十四条规定，建设单位应向施工总承包单位提供工程款支付担保。此举旨在约束建设单位履约行为，确保其有足够的资金能力按约支付工程款。担保形式可为银行保函、保证保险等。若因建设单位未按约拨付工程款导致欠薪，建设单位需在欠付工程款范围内承担先行垫付的清偿责任。同时，《条例》规定，建设单位未依法提供工程款支付担保的，将面临责令限期改正、责令项目停工、罚款、限制其新建项目等行政处罚。
6.维权信息公示制度——保障知情与监督权利
维权渠道不畅通的情况下，农民工不得已只能采取围堵工地、拉横幅等过激方式，既扰乱了社会秩序，也使自身从受害者变为违法者。为畅通维权渠道，《条例》第三十四条规定，施工总承包单位应在施工现场醒目位置设立维权信息告示牌，公示建设单位、总包单位、分包单位、劳资专管员等信息，当地最低工资标准、工资支付日期，以及行业主管部门和劳动监察机构的投诉举报电话等。此举将各方责任置于阳光之下，既方便农民工维权，也便于社会与监管部门监督。
部分地区对维权公示牌具体格式也是做出了进一步的要求，如湖南省要求公示牌基本尺寸不小于1.2米×0.8米，蓝底白字，彩色喷绘，一般应高于地面1米。