（一）增加地下室面积的出让金补缴问题
许多老旧楼宇更新项目都涉及增加地下室面积，优化空间利用，却带来了补缴土地出让金的义务。《北京市城市更新条例》虽鼓励合理利用地下空间，但北京市规划和自然资源委员会《关于出让国有建设用地使用权基准地价成果应用有关事项的通知》明确规定，增加地下建筑规模需按土地成交楼面单价计收地价款。这意味着如在改造中增加地下室，项目成本将大幅增加，投资回报率可能受到影响。
《北京市城市更新条例》第五十三条规定：“本市鼓励在符合控制性详细规划的前提下，采取分层开发的方式，合理利用地上、地下空间补充建设城市公共服务设施，并依法办理不动产登记。支持将符合要求的地下空间用于便民服务设施、公共服务设施，补充完善街区服务功能。”第五十一条规定：“涉及缴纳或者补缴土地价款的，应当考虑土地取得成本、公共要素贡献等因素，综合确定土地价款。”
《北京市规划和自然资源委员会关于出让国有建设用地使用权基准地价成果应用有关事项的通知》第三条第一款规定：“对于招拍挂出让经营性项目地下建筑规模部分，经批准调整出让地下用途、增加建筑规模的，以土地成交楼面单价为计算基数，按政府土地出让收益标准计收地价款。”
因此，在取得规划部门批准同意的情况下，项目可以增加地下室面积，并须以土地成交楼面价为计算基数，计算应当补缴的土地出让金金额。
（二）土地使用权剩余年限与续期问题
如项目剩余土地使用期限较短，产权人出资进行更新改造，需关注土地使用权能否顺利续期、投资成本能否通过后续使用收回的问题。
《城市房地产管理法》第二十二条规定，土地使用权出让合同约定的使用年限届满，土地使用者需要继续使用的，应当至迟于届满前一年申请续期，除根据社会公共利益需要收回该幅土地的，应当予以批准。但对于续期的具体条件、续期支付的土地价款如何确定并未明确。因此，产权人未来土地使用权期限期满时办理续期，需要何种手续及负担何种成本，目前并不明确。
但是，根据北京市规划和自然资源委员会2024年11月印发的《关于城市更新项目土地价款核定缴纳的若干措施》第二条第（七）款规定，针对城市更新项目，北京市允许在出让土地使用权未到期时进行延期，并重新签订出让合同，土地价款按出让土地使用权市场价格核定。由此，可以解决上述到期时续期政策手续不明确的问题。
综上，基于目前全国层面对土地使用权到期后续期的规定十分模糊，而北京市又出台政策允许城市更新项目在未到期时提前办理延期手续，故建议在制定更新实施方案时，与规划部门协商，申请提前办理土地使用权延期手续，重新签订出让土地出让合同并缴纳土地出让金。
（三）地铁安全保护区的施工限制
《北京市轨道交通运营安全条例》第三章规定，在轨道交通安全保护区内进行施工作业的，作业单位应当制定安全防护方案和监测方案，在征得运营单位同意后，依法办理有关行政许可手续。轨道交通运营单位可以对作业影响区域进行动态监测，并有权进入施工作业现场进行巡查。出现危及或者可能危及轨道交通运营安全情形的，作业单位应当停止作业，采取补救措施，并报告轨道交通运营单位。作业结束后，作业单位应当会同轨道交通运营单位评估作业对轨道交通运营安全产生的影响，并将评估结果报市交通行政主管部门，评估合格的，办理轨道交通安全保护区施工作业后评估结果备案。评估认为影响运营安全的，作业单位应当立即采取措施消除影响。
因此，如项目位于轨道交通安全保护区，项目实施单位应当制定轨道交通安全防护方案及监测方案，征得地铁运营单位同意后方可开工实施。如未经轨道交通运营单位同意擅自施工，存在被市交通行政主管部门责令限期改正并处以罚金，查封作业场所、扣押违法施工作业工具的风险。