（一）行政审计与民事结算的性质异同
政府投资审计与工程价款结算在法理上分属不同法律领域，其性质差异具有根本性。审计机关依据《审计法》对政府投资及以政府投资为主的建设项目的预算执行与决算实施审计监督，其制度目的在于维护国家财政经济秩序、提升财政资金使用效益、防范建设项目中的违法违规行为。该程序的启动、进行与结论作出均依据行政法规范调整，属公法监督范畴。
工程价款结算则属发承包双方依合同确定工程价款的民事法律行为，其制度基础为私法自治与合同信守原则，受《民法典》合同编调整。二者在主体地位、法律依据、程序规则与效力范围上均存在本质差异。
最高人民法院在重庆建工集团股份有限公司与中铁十九局集团有限公司建设工程合同纠纷再审案（最高人民法院（2012）民提字第205号民事判决，载《最高人民法院公报》2014年第4期）中，就此问题作出了具有指导性意义的裁判说理。该院指出：依据《审计法》之规定及其立法宗旨，审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况及决算进行审计监督，目的在于维护国家财政经济秩序、提高财政资金使用效益、防止建设项目中的违规行为。重庆建工与中铁十九局之间关于案涉工程款的结算，属于平等民事主体之间的民事法律关系。因此，案涉工程款的结算，与法律规定的国家审计的主体、范围、效力等，属于不同性质的法律关系问题。无论案涉工程是否依法须经国家审计机关审计，均不能认为国家审计机关的审计结论可以成为确定本案双方当事人之间结算的当然依据。
该裁判观点与最高人民法院早期相关答复、后续系列裁判及司法解释的规范意旨保持一致：审计作为国家对建设单位资金使用的行政监督手段，不影响建设单位与承包人之间合同的效力与履行。审计结论只有在合同明确约定以之作为结算依据的情况下，方可介入工程价款的民事确定程序。2001年最高人民法院《关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题的电话答复意见》（〔2001〕民一他字第2号）即指出，审计是国家对建设单位的一种行政监督，不影响建设单位与承建单位的合同效力，只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据，或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决依据；2008年《关于人民法院在审理建设工程施工合同纠纷案件中如何认定财政评审中心出具的审核结论问题的复函》（〔2008〕民一他字第4号）就财政评审结论重申了同一立场。2017年全国人大常委会法工委在《关于对地方性法规中以审计结果作为政府投资建设项目竣工结算依据有关规定提出的审查建议的复函》（法工备函〔2017〕22号）中进一步认定，地方性法规直接规定以审计结果作为竣工结算依据，或者要求招标文件、合同约定以审计结果作为竣工结算依据的，限制民事权利、超越地方立法权限，应予纠正。审计署《关于进一步完善和规范投资审计工作的意见》（审投发〔2017〕30号）亦要求审计机关和审计人员不得参与工程结算等管理活动。上述文件共同确立了“监督归监督、结算归结算”的规则：审计结论介入民事结算，只能来自当事人具体、明确的约定。
（二）“明确约定”的判断标准与审查方法
“明确约定”要件的成立，要求合同条款在约定以审计或财政评审结论作为结算依据时，其内容具体、指向清晰，不得通过解释推定方式加以拟制。司法实践中，法院对此类条款的审查通常围绕以下维度展开：
第一，审计主体是否明确。合同应载明具体的审计机关名称或可识别的审计主体类型（如“某某市审计局”或“省级审计机关”），而非笼统提及“审计”或“政府审计”等概念。若合同仅表述为“按业主审计为准”，未明确系政府审计抑或内部审计，亦未载明具体审计机关或财政评审机构，法院通常不会推定承包人已同意接受行政审计对民事结算的介入。最高人民法院在（2018）最高法民终651号案中即持此立场：施工合同仅约定竣工结算“按审计为准”而未明确审计主体的，应解释为工程最终结算价需通过专业审计途径确定其真实合理性，而非须经国家审计机关审计后依据审计结果结算。
第二，审计类型是否明确。政府投资审计、内部审计、社会审计（造价咨询机构审核）在性质上差异显著，合同条款应明确约定所指向的审计类型。若仅写“审计”二字，在合同解释中应结合招标文件、补充协议及其他交易文件综合判断。
第三，审计范围是否明确。合同应明确哪些工程范围或费用项目适用审计结论确定价款，避免因约定不明导致审计结论超越合同本旨。
第四，审计期限是否明确。合同是否约定了审计或评审的完成时限，以及逾期未完成的法律后果。此项对承包人权利保障尤为关键。
第五，审计结果是否符合合同计价方式。 审计机构的审核口径应与合同约定的计价依据、计价方法保持一致，不得脱离合同基础另行设定计价标准。
（三）《建工司法解释（二）》第十三条的规范结构
2026年6月30日起施行的《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》（法释〔2026〕12号）第十三条，对审计与财政评审条款的效力及边界作出了系统规范。
该条第一款规定：“发包人与承包人约定工程价款按照审计机关的审计结果或者财政评审机构的评审结论确定，但是审计结果或者评审结论非因承包人原因未在合理期限内出具，或者承包人有证据证明审计结果或者评审结论与施工合同约定明显不符，承包人申请对工程造价进行司法鉴定的，人民法院应予准许。”该条款确立了以下三层规范含义：其一，合同约定以审计或财政评审为结算依据的，约定优先原则应受尊重，但该约定并不意味着发包人可获得无限期的等待权利；其二，“非因承包人原因”是启动司法鉴定程序的前提条件，若审计迟延系因承包人未及时提交完整结算资料所致，则不适用该救济路径；其三，承包人申请司法鉴定的权利属于程序性权利，在符合条件时法院应予以准许，而非裁量性许可。
该条第二款规定：“前款规定的合理期限，当事人有约定的，按照约定；没有约定的，人民法院综合工程规模和工程造价金额、复杂程度等因素确定，但是该期限不得超过承包人提交竣工结算文件之日起一年。”该款构建了“约定优先+法定上限”的双层时限结构。当事人约定的期限短于一年的，从其约定；未约定或约定不明时，法院可综合工程规模、造价金额、复杂程度等因素酌定合理期限，但该期限的上限为承包人提交竣工结算文件之日起一年。此项规定以统一裁判尺度为政策目标，终结了实践中长期存在的“审计无期限”困境。
该条第三款规定：“发包人与承包人未约定工程价款按照审计机关的审计结果或者财政评审机构的评审结论确定，发包人请求以审计结果或者评审结论确定工程价款的，人民法院不予支持。”该款重申了约定原则的根本地位：在合同未明确约定以审计或财政评审作为结算依据的情况下，发包人不得单方面以审计核减结果强制约束承包人。审计结论在此情形下仅作为证据材料，其证明力须经质证及法院审查后方可认定。
此外，还需关注本解释的时间效力。《建工司法解释（二）》第二十三条规定，本解释自2026年6月30日起施行，施行后人民法院新受理的一审建设工程施工合同纠纷案件适用本解释；最高人民法院以前发布的司法解释与本解释不一致的，以本解释为准。这意味着，即便施工合同订立于本解释施行之前，只要纠纷在其施行后新进入一审程序，第十三条的“一年上限”与司法鉴定规则即应适用。因此，在评估存量项目的审计拖延风险时，合同订立时间不构成本解释适用的当然排除事由，不宜以“老合同适用老规则”为由否定第十三条的适用。
（四）新《保障中小企业款项支付条例》对审计结算的进一步限制
2025年修订、2025年6月1日起施行的《保障中小企业款项支付条例（2025年修订）》，对审计结算作出了更严格的限制。新条例第十二条明确规定：“机关、事业单位和国有大型企业不得强制要求以审计机关的审计结果作为结算依据，法律、行政法规另有规定的除外”。
值得特别关注的是，新条例删除了原条例第十一条中“合同另有约定”这一例外情形。该修订具有重要的规范意义：在现行法框架下，即使合同中约定以审计作为结算依据，若该约定与法律、行政法规的强制性规定相抵触，亦可能被认定无效。同时，该条例第十四条规定，“机关、事业单位和大型企业不得以法定代表人或者主要负责人变更、履行内部付款流程，或者在合同未作约定的情况下以等待竣工验收备案、决算审计等为由，拒绝或者迟延支付中小企业款项。”对新能源电站工程中的EPC总承包方及分包方而言，该项制度保障具有直接的实务价值。
在法律层面，2025年5月20日起施行的《民营经济促进法》第六十七条第一款进一步规定：“国家机关、事业单位、国有企业应当依法或者依合同约定及时向民营经济组织支付账款，不得以人员变更、履行内部付款流程或者在合同未作约定情况下以等待竣工验收批复、决算审计等为由，拒绝或者拖延支付民营经济组织账款；除法律、行政法规另有规定外，不得强制要求以审计结果作为结算依据。”与作为行政法规的《保障中小企业款项支付条例》相比，该条以法律形式确认同一规则，保护对象亦不限于中小企业，而覆盖全部民营经济组织。对新能源电站并购而言，若项目公司（发包人）属于国有企业或大型企业，而EPC总承包人、主要分包人属于民营经济组织或中小企业，审计结算条款的可执行性将大打折扣——买方在估值时，不应将审计核减结果当然作为调减该类承包人应付工程款的依据。