发包人能否否认咨询意见实质上即为发包人是否受到其委托行为的约束。司法实务中对此存在三种争议性观点。
（一）观点一：咨询意见对发包人具有约束力
该观点侧重于保护承包人的合理信赖利益。
首先，造价机构系发包人单方委托，其审计并出具咨询意见的行为系发包人内部行为，相应结果应当由发包人自行承担。其次，造价机构出具结算金额通常属于其工作内容及职责权限，如其不仅向发包人反馈审核结论，还将结算金额告知承包人，甚至提供盖章确认文件，承包人有充足理由相信造价机构已获得发包人就结算事项的授权，盖章确认也构成发包人的自认。最后，若允许发包人随意否认咨询意见，既可能导致发包人通过该方式恶意拖延结算及付款，损害承包人合法权益，也有违禁止反言与诚实信用原则。
需要指出的是，该观点在特定情形下具有正当性，尤其是发包人事先明确授权造价机构与承包人共同进行结算谈判并签署确认文件的场合，此时发包人的授权行为已构成对结算结果的承诺，否认权应受到实质性限制。
参考案例：最高人民法院（2003）民一终字第77号
裁判摘要：本案判决主要涉及承包方在工程竣工后提交的决算报告，发包方委托第三人对该报告进行审核，第三人根据审核结果出具《审核意见书》，在承包方对该《审核意见书》予以认可的情况下，能否将第三人出具的《审核意见书》作为认定发包方与承包方决算工程款的依据。建设工程施工合同当中，一般约定承、发包双方自行完成工程款的决算工作。但也存在发包方没有相适应的工程款决算的审核能力，而委托第三人协助其完成工程款决算工作的情况。这一委托中，第三人不是作为专业的工程款审计部门，独立完成工程款决算的审计工作，而是运用其专业力量，协助发包方的工作，完成的审核工作视为发包方对承包方提供的决算报告的审核，属于发包方的内部审核。第三人就其审核工作对发包方负责。当发包方授权或者委托第三人与承包方直接进行工程款决算审核工作时，第三人依据发包方的授权，代表发包方与承包方进行工程款的决算工作，双方达成的一致意见，视为发包方与承包方达成的一致意见，可以作为承、发包双方决算工程款的依据。
笔者注：本案于2004年1月9日裁判，早于2005年建设工程施工合同司法解释施行之日。受限于时代背景，本案所确立的规则在现行司法框架下虽有参考价值，但效力值得商榷。
参考案例：最高人民法院（2015）民申字第430号
裁判摘要：本院认为，《初审报告》系某置业公司收到某胶建公司报送的工程结算书后，经其单方委托，鉴定机构于2012年7月31日作出的鉴定结论。某置业公司支付审计费10万元，并于2013年1月23日向某胶建公司发函要求将该款计作该公司的付款，某胶建公司予以认可。前述鉴定结论虽为某置业公司委托鉴定所得且为初审结果，但某胶建公司收到某置业公司所交《初审报告》复印件后，认可该结论并主张按之结算工程价款，故应当认定某胶建公司已经完成了相应的举证责任。某置业公司如不予认可，应就其反驳主张承担举证责任。某置业公司认为原审法院举证责任分配违反法律规定，理据不足。某置业公司认为按照《初审报告》确定案涉工程的造价，违背当事人的约定，但未向本院提交相关合同依据，其相关主张不能成立。某置业公司在一审诉讼期间提出异议后，法院为其指定了举证期限，某置业公司未在限定的时间内对工程造价申请司法鉴定；在向本院申请再审过程中，虽列举提出了《初审报告》存在4项错误之处，但亦未提交任何证据加以证明。现某置业公司认为原审法院根据《初审报告》审计总结算值认定本案讼争工程造价明显缺乏证据证明，其主张和理由不能成立。
参考案例：最高人民法院（2015）民申字第1186号
裁判摘要：鸿某公司在诉争工程竣工后于2012年12月2日向君某地产提交了工程结算文件，君某地产单方委托天某公司对鸿某公司提交的结算文件进行审计，作出2013年1月审核报告书，确定审定结算金额为1400余万元。至2013年11月本案诉讼发生时时隔九个多月的时间，并无证据证明君某地产对上述审核报告书提出异议，或者按《施工合同》的约定在30日内对鸿某公司提交的竣工结算报审资料提出修改意见。致使双方迟迟不能签订结算协议书，工程造价长期不能确定的过错在君正地产一方。鸿某公司虽未举证证明2013年1月审核报告书来源于君正地产，但君某地产认可该审核报告书的真实性。在本案诉讼中，君某地产要求天某公司对诉争工程造价进行重新审核，主要理由是不能将其他单位的工程量计入、现场苗木不能全部计入、金额异常偏高等，但并无证据证明该公司就结算中存在的上述问题与鸿某公司进行了沟通，并得到鸿某公司的确认，该公司也未在本案一审、二审中提出上述主张，天某公司重新作出审核报告并迳行修改审核意见，欠缺正当性和充分依据。再者，君某地产已支付6909140元工程款，远超过其2013年12月重新审核后的确定项金额2736397元，在2013年1月审核报告书作出后该公司仍对鸿某公司继续付款，也间接佐证了君某地产认可工程款未支付完毕的事实。
（二）观点二：咨询意见仅为证据之一，并不当然具有约束力
该观点倾向于保护发包人，也是当前司法实践的主流观点。
造价机构并非建设工程施工合同当事人，即使造价机构与承包人共同对结算金额盖章确认也不构成合同双方当事人的共同意思表示。正如前文对于咨询意见法律属性之分析，咨询意见作为证据证明力较弱，不管咨询意见是否由发包人委托所产生，当事人任何一方都可以基于合理怀疑而不予认可或单方申请鉴定。结合《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》（以下简称“建工司解一”）第三十条之规定，即使是发承包人双方在诉讼前共同委托造价机构出具咨询意见，诉讼中也有权对此不予认可。举重以明轻，发包人单方委托造价机构出具的咨询意见，其亦有权不予认可。因此，咨询意见并不能当然地作为结算依据。
该观点已在部分省级司法文件层面得到明确印证。《重庆市高级人民法院 四川省高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的解答》第七条明确规定：“一方当事人单方委托第三方对预结算书等结算资料进行审核所出具的咨询意见原则上不能作为确定工程造价的依据，但双方当事人通过委托合同或者其他方式明确表示接受咨询意见约束等情况除外。”这是迄今省级司法文件中对本问题表述最为明确的规范性依据，其“原则上不能……除外”的结构与建工司解一第三十条的立法逻辑一脉相承，进一步强化了观点二的立法基础。
参考案例：最高人民法院（2017）最高法民申2462号
裁判摘要：发包人提交的造价《汇总表》加盖的是本公司的公章，是自己对工程价款的计算和认可。为完成计算，其有权委托其认为适当的任何主体（第三方造价机构）予以辅助或进行造价审计。但该结果对委托人并无约束力，委托人对该结果有采纳与否的权利。该第三方受一方委托进行工程造价计算或审计的行为与受双方委托进行的工程造价鉴定性质完全不同。若承包人认可该价款，属于双方就工程价款达成新的合意，可据此结算。承包人不认可该价款，应继续按照合同约定承担提交结算资料进行审计的责任，或依法就工程价款承担举证责任。承包人关于应责令发包人提交审计报告的主张，混淆了两个审计的性质。承包人没有证据证明造价机构完成了双方当事人约定的审计以及该审计报告为发包人所控制，其关于应适用《证据规则》七十四条推定审计已完成，并适用《民事诉讼法司法解释》第一百一十二条之规定由发包人承担举证责任倒置后果的再审申请理由不成立。
参考案例：最高人民法院 最高法民终747号之一
裁判摘要：首先，当事人共同委托某工程造价咨询机构出具的工程造价咨询意见与诉讼中委托鉴定机构出具的鉴定意见性质不同……咨询意见与鉴定意见不能互相替代，不能以有咨询意见为由，剥夺当事人申请鉴定的权利。其次，某锻压机床公司、恒某公司作为委托人共同与中某造价咨询公司于诉前签订《建设工程造价咨询合同》，表明某锻压机床公司、恒某公司就共同委托造价机构出具咨询意见的问题达成一致，但该事实并不意味着双方在订约时已同意接受将来的造价咨询意见的约束，特别是在该合同明确表述为“咨询合同”的情况下更应作出这一解释。中某造价咨询公司出具审核报告后，某锻压机床公司、恒某公司虽在该报告所附《工程总成本审定签署表》上签章，但该签章实质系双方对造价机构交付的工作成果的确认，在无其他证据证明双方具有以此报告作为结算依据之合意的情况下，该签章行为不能得出双方同意以审核报告作为工程总成本结算的依据，故本案不符合上述司法解释第十三条规定的但书情形。
类似案例：江苏省太仓市人民法院（2024）苏0585民初1907号
裁判摘要：该案件系由笔者本人代理，法院亦持类似观点。在发包人委托的第三方审计机构已经出具一审意见且承包人认可一审意见的情况下，发包人表示该一审造价虽系其委托，但其还需继续审核、进行二审，对上述结算金额不予认可。法院对发包人观点予以支持，且经法院释明，承包人需要申请司法鉴定并垫付鉴定费。
（三）观点三：如发包人、承包人之间签订的合同有明确约定的，应当以合同约定为准
发包人、承包人之间签订的合同系双方真实意思表示，如合同明确约定“以审计结果为准”，则第三方造价机构出具的咨询报告对双方均具有约束力，发包人一般不得否认；如合同明确约定“以政府审计或特定审核为最终结算依据”，在不考虑发包人恶意拖延结算的情况下，发包人可主张依约待审计、审核结论出具后才满足结算条件。但若合同仅约定“发包人委托审计”或“发包人对咨询审核意见有异议，可在约定期限内提出并与承包人协商；协商不成的，应依约在协商期满后的约定期限内委托造价咨询机构进行结算审核并向承包人提交审核意见”的，咨询报告并不当然约束发包人或承包人。
当然，实践中合同约定往往存在措辞模糊的情形，此时不宜机械拘泥于文字表述。合同约定虽然为咨询意见提供了效力基础，但其最终约束力的有无及边界，仍需结合合同目的、交易惯例及诚实信用原则进行补充解释。
（四）三种观点的综合评价
结合建工司解一第三十条的拟制目的、理解与适用的说理以及各个案件的效力层级、裁判时间等因素，“咨询意见仅为证据之一，并不当然具有约束力，发包人有权不予认可”的观点是当前更具代表性的主流裁判倾向。然而，该主流观点并不意味着发包人的否认权不受任何限制，仍需考虑诚实信用原则及证据规则的约束。例如，发包人若已依据咨询意见进行了部分支付，或在结算谈判中明确表示认可，事后再行否认，法院可能会据此对其否认行为的效力作出相应限制。三种观点并非截然对立，而是在不同事实情境下的差异化适用。
类似案例：江苏省南京市栖霞区人民法院（2020）苏0113民初642号
裁判摘要：本院认为，《建设工程造价协议书》《建设工程造价咨询合同》均能证明委托人系发包人，发包人称工程造价咨询报告系承包人单方委托作出，与事实不符，不予采纳。案涉《南京东方玉园阳台及窗台栏杆制作及安装合同》约定：发包人或发包人委托的咨询单位进行审核，给予确认或提出修改意见，并将审核结果通知承包人，承包人确认同意的，则发包人审定的价款为双方竣工结算价款的最终依据。发包人委托咨询单位对工程造价进行了审核，该审核符合合同约定，且《工程造价咨询报告书》明确载明“甲乙双方均认可本审核结果”，另发包人重新委托复核后的复核价款亦与审核结果一致，故审核、复核所确定的工程价款应当作为案涉工程竣工结算价款的依据，对发包人该抗辩意见不予采纳。