强制医疗程序虽然具有医学关怀的价值追求，但这不能抹去其限制人身自由的本质属性，所以在适用该特殊程序时应具有严格且明确的证明标准。前文提到从证明对象的特殊性上看，考虑到证明的现实可能性，证明标准不应完全比照刑诉法55条的一般规定；另一方面，承担证明责任的一方当事人若不能提供证据使待证事实达到法律所要求的证明标准，将承担实体法上的不利后果，即证明责任的分配与证明标准共同影响了最终的裁判结果。
我国《刑事讼诉法》第51条规定：公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担，自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担。结合强制医疗程序启动的两种方式，可做不同的讨论。在检察机关依申请提起的强制医疗程序中，检察机关应负有行为责任和结果责任的双重证明责任。换言之，检察机关需要证明上述三种事实，还需要承担证明不成的不利后果。鉴于公权力在搜查等方面的优势地位，检察机关证明被申请人实施了危害公共安全或者严重危害公民人身安全的暴力行为，并需对此承担相应的法律结果责任，学者并无太大争议。但考虑到精神病诊治的隐私性，以及国内讳疾忌医的传统风气，将“被申请人具有精神疾病且案发时不具有刑事责任能力”的证明责任分配给检察机关，加重了其承担不利结果的风险。由法院启动的强制程序实际是默认检察机关同意从普通程序转到强制医疗程序，此时检察机关在仍应承担存在适用强制医疗程序的证明责任[5]。
因此检察机关作为证明责任的承担者，在分析证明标准的确立上应考虑到这一具体情况。依据检查机关的优势地位，在特定暴力行为的证明上，应严格依照刑诉法所确定的一般标准，即犯罪事实清楚，证据确实、充分，达到“排除合理怀疑”的程度。
在第二项待证事实中，包含了两个待证小项：被申请人患有精神疾病和被申请人不具有承担刑事责任的能力。国外有句谚语，探索人的心理和灵魂比剖析一具尸体更加困难，精神疾病自身较高的主观性使之并不易确定；再加上我国自古以来对疾病尤其是心理疾病的逃避性心态，更加剧了检察机关的举证难度。具体分析，精神疾病的鉴定应从医学和法学两个方面进行，在此暂对医学鉴定不做评论，但就法学上的“精神病”的规定就有广义和狭义之争。狭义精神病仅指重度精神障碍者，广义的精神病还包括了类似性障碍、神经官能症、变态人格等精神障碍[6]。但现查的相关案例中对于精神障碍的认定大多采取模糊或者不说的方式。最高人民法院63号指导案例中，被申请人徐加富因认为保安打电话是为了攻击他而刺杀保安致死，法院最终适用强制医疗程序[7]。然针对该被害妄想是否属于重度精神障碍，案例并未提及，只是一味强调依据所谓的医学鉴定。在马建祥故意伤害案中，裁判文书的书写甚至以“精神病人”替代描述具体的症状，这种忽视对于鉴定标准的建立是不利的[8]。在精神鉴定高度依赖医学标准而忽视法学作用的现状下，要求检查机关做到“排除合理怀疑”难以实行，此时可参照行政案件中的“优势证据”证明标准。而为了防止正常人或应负刑事责任的精神病人藉由强制医疗程序逃避刑事制裁和避免不应接受强制医疗的人被强制治疗，对于犯罪行为和刑事责任能力的证明，无论是在普通诉讼程序还是在特别程序中，都应实行最高的证明标准，即排除合理怀疑的标准。简言之，在第二项待证事实中，对于刑事责任能力的证明与第一项相同，均为“排除合理怀疑”；但针对精神疾病的证明可酌情减轻至“优势证据”标准。
作为高度模糊和抽象的和概念，危险性的不确定性使之高度依赖法律解释和法官的自由裁量权。就其定义而言，其是对于未来可能发生的事情的预测，仿若在知晓空气湿度、气温等条件下预测是否能够下雨，已知的线索对于结果只有影响作用而不具备决定作用，所以把证明标准间定在“排除合理怀疑”既难以实现，也不现实。强制医疗程序中所提及的人身危险性更像是对于危险程度高低的证明，即一个人继续实施暴力行为的高概率或者低概率[9]。检察机关只能借助更为科学的手段，如更为明晰已实施危害行为的性质、类型，从时间维度上利用临床评估法和精算评估法，使后续危险性与之前行为的关联性更高。但这些手段只能提高准确率却不能保证绝对性，所以“排除合理怀疑”的标准在此不具有普适性，可借鉴相关研究将其置于前者与“优势证据”之间的“清楚和有说服力”的证明标准。
2.明确程序之间的兼容性和转换
针对普通诉讼程序和强制医疗程序的兼容问题，我国基本持肯定态度。“高法释”552条规定，被告人依法属于不负刑事责任的精神病人的，应当适用强制医疗程序，对案件进行审理。“高法释”553条第1款规定，判决宣告被告人不负刑事责任，同时作出对被告人强制医疗的决定。前者表明强制医疗程序的适用属于普通诉讼程序中的特殊情况；后者则就两种程序的兼容性提供了依据，因为两种判决结果应产自于不用的诉讼程程序。有学者主张在普通诉讼程序中直接就强制医疗程序作出判决变相剥夺了犯罪嫌疑人、被告人申请重新鉴定的权利，不利于司法公正[10]。但责任能力作为普通诉讼程序本就应该审查的事项，符合强制医疗条件，即不具有刑事责任能力，就阻却了普通诉讼程序作出不利于被告人的可能。所以就被告人的权益而言，将强制医疗程序并入普通诉讼程序并不会影响其在刑事责任方面的承担；就重新鉴定而言，法律为其保留了5日内向上一级法院的复议申请权。
就提起强制医疗程序能否引起普通诉讼程序的中止，我国现行法律依然坚持了肯定的倾向。依据《刑事诉讼法》第206条第1款的规定，被告人患有严重疾病，无法出庭，致使案件长时间无法审理的，可以中止审理。即根据一般的刑诉法规定，因被告人身体原因使得庭审无法进行的，即可中止审理。精神疾病作为疾病的一种，在法律无特殊规定的情形下，应该可以适用该一般规定。此外，针对中止后被告人有继续造成危害的可能性，《刑事诉讼法》在303条最后一款也做出了临时的保护性约束措施。因此法律在默认一般规定的情况下，又做出了关于中止审理可能带来的问题的解决措施，可以视为是对于普通诉讼程序中止的肯定。
3.被害人的救济途径
在谈及强制医疗程序的适用条件时，一直在不断强调被申请人需要实施了危害公共安全或者严重严害公民人身安全的暴力行为这一前提条件。换言之，在公共安全受到侵害之外，还存在另一类受到了严重侵害的特定可查的被害人。既然被害人的权益受到了客观可估计的严重损害，则对其的救济在审理过程中是难以避过的重要环节。但对于损失的承担者，刑诉法中6条简略的规定并没有给出思路。有学者提出，可以参照刑法规定，提起刑事附带民事诉讼，在施害人具有个人财产时，就其个人财产对受害人进行赔偿；如果其监护人存在过错，也应对与被害人的损失承担相应的赔偿责任；若个人无财产，亦无相应监护人，甚至可以在特定情形下请求国家补偿[11]。
为了严格执行强制医疗程序，对于“鉴定意见”侦查机关、检察机关和审判机关均可行使监督权，却唯唯没有提及被害人对其的监督权。作为刑事诉讼的当事人，被害人的诉讼地位在该特殊程序中被不断弱化，结果将不利于该司法实践的良性运行。鉴定意见作为案件能否适用强制医疗程序的决定性因素，与被害人后续的维权活动密切相关，被害人理应在该环节的监督中占有一席之地。在具体实践中，可以通过保留被害人对鉴定意见的质证权，增强其对审理结果的接受度；可以通过强调侦查机关、检察机关和审判机关对于被害人的通知义务，保护被害人的知情权，使之通过增加对案件的理解，更加了解强制医疗程序适用的必要性。