3.1从登记依据的来源而言。现有文件来看，支撑“证缴分离”原则的文件集中在《最高人民法院、国土资源部、建设部关于依法规范人民法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问题的通知》及《关于加快解决不动产登记若干历史遗留问题的通知》，《关于加快解决不动产登记若干历史遗留问题的通知》作为自然资源部出台的行政规范性文件，其效力位阶相对于法律、行政法规、部门规章及司法解释类文件要更低一些。《最高人民法院、国土资源部、建设部关于依法规范人民法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问题的通知》作为司法解释类文件其效力位阶相较于法律、法规及规章的效力又如何呢？《中华人民共和国契税法》作为法律，其效力高于作为司法解释文件的《最高人民法院、国土资源部、建设部关于依法规范人民法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问题的通知》及行政法规《中华人民共和国土地增值税暂行条例》、部门规章《不动产登记暂行条例实施细则》。从法律位阶的角度，上述文件存在冲突规定的情况下，应当按照法律规定执行，其次为行政法规和部门规章。至于在司法裁判中，当事人和法院关于司法解释性质和效力位阶的认知呈现明显的多元化，尚无明确定论。因此，仅从文件法律效力而言，依据《最高人民法院、国土资源部、建设部关于依法规范人民法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问题的通知》这一司法解释文件直接办理不动产登记，不将收取完税证明作为登记要件，存在着登记依据不充分的风险。
3.2从登记依据的内容而言。按照《中华人民共和国契税法》等相关规定，不动产登记转移登记业务中涉及的税费为受让方应当缴纳的契税。从《中华人民共和国契税法》第一条、第二条及第十一条4的法条表述中，契税的征收情形为出让、买卖、赠与、互换的方式转移土地、房屋权属的行为，未缴纳契税的不动产登记机构不得办理登记。《关于贯彻实施契税法若干事项执行口径的公告》（财政部 税务总局公告2021年第23号）中予以了明确“（二）下列情形发生土地、房屋权属转移的，承受方应当依法缴纳契税：1.因共有不动产份额变化的；2.因共有人增加或者减少的；3.因人民法院、仲裁委员会的生效法律文书或者监察机关出具的监察文书等因素，发生土地、房屋权属转移的。”因此，因生效的法律文书导致土地、房屋权属发生转移，不动产登记机构依据协助执行文书办理转移登记的行为适用《中华人民共和国契税法》收取契税的规定，同理也应适用《中华人民共和国契税法》第十一条“未按照规定缴纳契税的，不动产登记机构不予办理土地、房屋权属登记”的限制性规定。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。第十二条规定，纳税人未按照本条例缴纳土地增值税的，土地管理部门、房产管理部门不得办理有关的权属变更手续。土地增值税虽非办理不动产登记所需要的要件，但作为不动产处分整个环节中可能涉及的其他税款，《中华人民共和国土地增值税暂行条例》已对房屋权属变更作出了限制，不动产登记机构应当遵守。
有鉴于此，我们理解，在现有上位法未明确“证缴分离”原则，且未将此原则解释为“不动产登记机构依据生效法律文书径行办理登记确认，税务或有关部门依据程序自行追缴”的情况下，不动产登记部门在当事人未缴纳完成相关税费，取得完税（减免）凭证前，先行办理不动产转移登记存在违反上位法的规定，且可能导致土地、房屋权属转移漏缴税款、国家税收流失等情形，进而引发登记业务合规风险。现行“证缴分离”原则在依据生效法律文书确定物权办理不动产登记业务中的适用空间并不大。实践中，为避免法院的生效文书及协助执行文书得不到落实，不动产登记机构可能面临法院的司法建议书等，建议不动产登记机构在收到法院的法律文书或协助执行通知书第一时间内对可能无法执行的原因进行反馈，并将涉及的不动产进行相应的标注，待满足条件后即时办理登记。
[1]《不动产登记操作规范（试行）》1.7 登记的一般程序1.7.1 依申请登记程序依申请的不动产登记应当按下列程序进行：（一）申请；（二）受理；（三）审核；（四）登簿。不动产登记机构完成登记后，应当依据法律、行政法规规定向申请人发放不动产权证书或者不动产登记证明。1.7.2 依嘱托登记程序依据人民法院、人民检察院等国家有权机关出具的相关嘱托文件办理不动产登记的，按下列程序进行：（一）嘱托；（二）接受嘱托；（三）审核；（四）登簿。1.7.3 依职权登记程序不动产登记机构依职权办理不动产登记事项的，按下列程序进行：（一）启动；（二）审核；（三）登簿。
[2]《不动产登记暂行条例实施细则》第三十八条申请国有建设用地使用权及房屋所有权转移登记的，应当根据不同情况，提交下列材料：（一）不动产权属证书；（二）买卖、互换、赠与合同；（三）继承或者受遗赠的材料；（四）分割、合并协议；（五）人民法院或者仲裁委员会生效的法律文书；（六）有批准权的人民政府或者主管部门的批准文件；（七）相关税费缴纳凭证；（八）其他必要材料。不动产买卖合同依法应当备案的，申请人申请登记时须提交经备案的买卖合同。
[3]《不动产登记操作规范（试行）》9.3 转移登记 1 不动产登记申请书；2 申请人身份证明；3 不动产权属证书；4 国有建设用地使用权及房屋所有权转移的材料，包括：......（7）因人民法院、仲裁委员会的生效法律文书等导致权属发生变化的，提交人民法院、仲裁委员会的生效法律文书等材料；5 已经办理预告登记的，提交不动产登记证明；6 划拨国有建设用地使用权及房屋所有权转移的，还应当提交有批准权的人民政府的批准文件；7 依法需要补交土地出让价款、缴纳税费的，应当提交土地出让价款缴纳凭证、税费缴纳凭证；8 法律、行政法规以及《实施细则》规定的其他材料。
[4]《中华人民共和国契税法》第一条规定，在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，应当依照本法规定缴纳契税。第二条规定，本法所称转移土地、房屋权属，是指下列行为：（一）土地使用权出让；（二）土地使用权转让，包括出售、赠与、互换；（三）房屋买卖、赠与、互换。前款第二项土地使用权转让，不包括土地承包经营权和土地经营权的转移。以作价投资（入股）、偿还债务、划转、奖励等方式转移土地、房屋权属的，应当依照本法规定征收契税。第十一条规定，纳税人办理纳税事宜后，税务机关应当开具契税完税凭证。纳税人办理土地、房屋权属登记，不动产登记机构应当查验契税完税、减免税凭证或者有关信息。未按照规定缴纳契税的，不动产登记机构不予办理土地、房屋权属登记。